RasMol programma di grafica molecolare per la visualizzazione di proteine.

RasMol è un programma di disegno molecolare progettato per visualizzare proteine, acidi nucleici e piccole molecole. Il programma è volto a fini illustrativi, didattici e alla produzione di immagini di qualità per la pubblicazione.

RasMol legge da un file le coordinate molecolari e visualizza interattivamente la molecola sullo schermo in una varietà di colori e di rappresentazioni. Attualmente le rappresentazioni disponibili includono insiemi di linee, con segmenti cilindrici rappresentanti i legami, con sfere solide (CPK), con palline e bastoncini, con nastri macromolecolari (sia nastri solidi ombreggiati che filamenti paralleli), con etichette per gli atomi e superfici punteggiate.
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I formati di input attualmente supportati comprendono: Protein Data Bank (BPD), i formati Mol2 per Alchemy e Sybyl della Tripos, il formato Mol della Molecular Design Limited (MDL), il formato  XMol XYZ del Minnesota Supercomputer Center (MSC), il formato CHARMm, il formato CIF e il formato mmCIF.

Questo pacchetto installa due versioni di RasMol, rasmol-gtk ha una moderna interfaccia basata su GTK e rasmol-classic è la vecchia versione con la GUI Xlib.

RasMol è un programma di grafica molecolare per la visualizzazione di proteine, acidi nucleici e piccole molecole e funziona sotto un ampio numero di architetture e sistemi operative.

Se non ci sono informazioni sulla connetività tra gli atomi, questa viene calcolata automaticamente.
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La molecola caricata puà essere mostrata come wireframe bonds, cylinder 'Dreiding' stick bonds, alpha-carbon trace, space-filling (CPK) spheres, macromolecular ribbons (either smooth shaded solid ribbons or parallel strands), hydrogen bonding e dot surface.  Gli atomi possono anche essere etichettati con stringhe di testo arbitrario.

Conformeri alternativi e modelli NMR multipli possono essere colorati singolarmente e identificati in etichette sugli atomi. Differenti parti della molecola possono essere colorate e rappresenteate indipendentemente dal resto della molecola o mostrate in molte rappresentazione simultaneamente.

La molecola può essere ruotata, spostata, ingrandita interattivamente usando sia il mouse che le barre di scorrimento.

RasMol può leggere una lista di comandi preparati in un file script, per permettere di riportare ad una data immagine o un punto di vista particolare.

L'immagine renderizzata può essere esportata da RasMol in molti formati compreso raster o vettore PostScript, GIF, PPM, BMP, PICT, Sun rasterfile o come un input script MolScript o Kinemage.

Screnshots.

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Luca Soraci

Luca Soraci

Ubuntu giunge alle nostre orecchie solo perché è stato mutuato come nome per un sistema operativo di successo; lo abbiamo sentito nei discorsi di Mandela, del vescovo Tutu, ed è uno dei concetti fondanti di quel movimento di rinascimento che vuole far fiorire il continente africano al di sopra delle difficoltà attuali.

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